do ministra finansów i gospodarki
w sprawie problemu funkcjonowania Krajowego Systemu e-Faktur w jednostkach samorządu terytorialnego rozliczających VAT w modelu scentralizowanym
Zgłaszający: Janusz Kowalski
Data wpływu: 13-02-2026
W pierwszym okresie funkcjonowania Krajowego Systemu e-Faktur ujawniły się istotne problemy po stronie jednostek samorządu terytorialnego, wynikające ze specyfiki ich rozliczeń podatku od towarów i usług. Samorządy od lat funkcjonują w modelu scentralizowanego VAT, w ramach którego jeden podatnik rozlicza podatek wspólnie z wieloma jednostkami organizacyjnymi, zakładami budżetowymi oraz wewnętrznymi strukturami administracyjnymi. W praktyce oznacza to obsługę bardzo dużej liczby faktur, odnoszących się do różnych faktycznych odbiorców realizujących odmienne zadania publiczne.
W tym kontekście szczególnie problematyczny okazał się brak obowiązku wypełniania w KSeF pola „Podmiot 3”, czyli wskazania faktycznego odbiorcy towarów lub usług. W realiach scentralizowanego VAT prowadzi to do sytuacji, w której faktury wpływają do jednej, wspólnej puli, bez możliwości ich automatycznego przypisania do właściwych jednostek organizacyjnych. Skutkiem tego jest konieczność ręcznej identyfikacji odbiorców oraz manualnej redystrybucji dokumentów wewnątrz struktur samorządowych.
Rozwiązanie to generuje dodatkowe obowiązki administracyjne, angażuje znaczne zasoby kadrowe oraz zwiększa ryzyko błędów w obiegu dokumentów. W szczególności prowadzi to do opóźnień w dekretacji faktur i realizacji płatności wobec kontrahentów, co może mieć negatywny wpływ na płynność finansową zarówno jednostek samorządu terytorialnego, jak i współpracujących z nimi przedsiębiorców.
Dodatkowym problemem są błędnie wskazywane numery NIP na fakturach przesyłanych do KSeF. W warunkach scentralizowanego VAT każda taka pomyłka wymusza występowanie do kontrahentów o wystawienie faktur korygujących, co wydłuża proces rozliczeń i absorbuje pracowników samorządowych dodatkowymi czynnościami, niezwiązanymi bezpośrednio z realizacją zadań publicznych.
Powyższe okoliczności wskazują, że KSeF w obecnym kształcie nie uwzględnia realiów organizacyjnych jednostek samorządu terytorialnego i przenosi na nie ciężar organizacyjny oraz ryzyka operacyjne wynikające z konstrukcji systemu. Rodzi to uzasadnione pytania o zakres analiz przeprowadzonych przez Ministerstwo Finansów na etapie projektowania KSeF oraz o gotowość resortu do wprowadzenia korekt dostosowujących system do potrzeb dużych, złożonych podatników publicznych.
W świetle powyższego proszę o udzielenie odpowiedzi na poniższe pytania: